《虎穴追踪》的剧情发生在解放初期的某城市。国民党特务组织“梅花党”在此秘密活动，企图破坏城市的安宁。

公安局长指示侦查员假扮成敌人，打入“梅花党”内部。侦查员成功地获得了特务的信任，了解到他们的阴谋：与国外反华势力勾结，企图在国庆大典时通过炸毁一座大桥来制造混乱。

侦查员在虎穴中与敌人斗智斗勇，最终将特务一网打尽，成功阻止了他们的破坏计划。然而，“梅花党”的头目并未被抓获，他隐身于幕后，继续策划新的阴谋。

侦查员凭借智慧与勇气，再次深入虎穴，追踪到特务头目的踪迹。在一次生死决战中，侦查员终于将特务头目抓捕归案，彻底粉碎了“梅花党”的阴谋，保卫了城市的安宁。

这部电影的剧情紧张刺激，展现了侦查员的英勇与智慧，同时也反映了新中国成立初期公安干警为保卫国家安全所做出的巨大贡献。