《敌特在行动》的剧情发生在1951年的中国内地，西南某小城。故事围绕公安部队干部陆飞展开，他在一次任务中意外得知自己的身世，得知母亲赵金迪就在他被派往的城市。陆飞归心似箭，踏上寻亲之路，却发现母亲被怀疑为特务而被捕。

陆飞在经历了一场错误的母子相认之后，将错就错进入了赵金迪家，开始了一系列扑朔迷离的案件调查。他与战友通过对林秋影、郭倪姐妹的调查追踪，逐渐搞清了两姐妹对国民党特务组织“玫瑰旅”的复仇行动。同时，他们也摸清了“玫瑰旅”的组织脉络。

在调查过程中，陆飞与林秋影因任务需要假扮夫妻，二人逐渐产生了深厚的感情。然而，公事不可掺杂私人感情，陆飞要求回避这个案件，但感情纠葛使得任务更加复杂。

最终，在一系列惊心动魄的较量中，陆飞与战友们成功挫败了国民党特务对这个城市的毁灭计划，揭露了“玫瑰旅”的真面目。剧中充满了悬疑、惊险与情感交织，展现了公安战士的英勇与智慧。