电影《恩爱两不疑》的剧情围绕大晟国城主萧锦昀与将门独女徐钰的夫妻关系展开。萧锦昀推崇文治，为了稳定局势迎娶了徐钰，但两人关系冷淡，互不信任。一次意外中，这对夫妻互换了身体，不得不开始扮演对方的角色。

萧锦昀作为城主，原本不会武功，而徐钰则是舞刀弄枪的武将夫人。互换身份后，两人都面临着巨大的挑战。萧锦昀需要适应武将的生活，学习武艺，同时还要处理国事；而徐钰则需要学会如何以城主夫人的身份生活，并应对宫廷中的复杂局面。

在扮演对方的过程中，两人逐渐开始体谅对方，因设身处地而解开误会。他们共同面对了一系列危机，包括北境战事突起、朝中势力纷争等。通过共同努力，两人不仅化解了危机，还从相看两相厌变得恩爱两不疑。

最终，两人成功换回身体，但他们的关系已经发生了翻天覆地的变化。他们更加珍惜彼此，共同治理国家，过上了幸福的生活。