《剧场版与你在世界终结之日FINAL》的剧情设定在一个被丧尸肆虐的末日世界。主角间宫响原本是一个普通的汽车维修工，生活平稳而幸福，计划向同居的实习医生恋人来美求婚。然而，一场突如其来的隧道崩塌事故将他困住，当他几天后艰难逃出时，世界已变得满目疮痍。街道上荒芜无人，到处都是丧尸的踪迹。

响急忙回到家中，却发现来美已经失踪。他四处寻找，却遭遇更多的危险和未知的挑战。在这个过程中，他遇到了同样幸存下来的人们，他们或曾是警察、消防员，或是普通的大学生、摩托车司机。面对绝境，他们不得不携手合作，共同在这个丧尸横行的世界中求生，同时也在绝望中寻找着希望和未来。