《炼气3000层，开局收女帝为徒》的剧情发生在一个充满奇幻与冒险的修真世界。主角，一个默默无闻的炼气修士，意外地突破了炼气境界的极限，达到了前所未有的3000层。此时，他意外地救下了一位身受重伤的神秘女子，这位女子竟是失踪多年的女帝。

女帝感激主角的救命之恩，决定拜他为师，学习炼气之道。两人一同踏上修炼之路，历经重重考验与挑战，逐渐揭开了修真世界的种种秘密。

在修真的旅途中，主角不仅帮助女帝恢复了实力，还引领她走向了更高的境界。而主角自己也在与女帝的相处中，逐渐领悟到了修真的真谛，实现了自我超越。最终，两人共同抵御了来自外界的邪恶势力，守护了修真世界的和平与安宁。