电影《陈航除三害》的剧情设定在2024年的中国大陆。影片开篇，身患绝症的陈航，一个曾经的通缉犯，在生命即将走到尽头之际，决定进行一场疯狂而决绝的复仇。他深知自己时日无多，便将目标锁定在通缉榜上排名在他之前的两大恶徒，以及他自己内心的“第三害”——对过去的执念和内心的黑暗。

在复仇的路上，陈航遭遇了重重困难，但他凭借自己的智慧和勇气，一次次化险为夷。他不仅成功除掉了两大恶徒，更在过程中找到了自我救赎的途径，释放了内心的“第三害”。

影片以一场惊心动魄的追逐战作为高潮，陈航在绝望中挣扎，最终找到了生命的真谛。影片以陈航的死亡作为结尾，但他留下的不仅是一个传奇，更是一种精神的传承。