电影《神医毒妃倾天下》的剧情设定在一个充满传奇色彩的历史背景下。故事围绕着一位传奇女医展开，她不仅医术高超，更是擅长用毒，拥有颠倒乾坤的能力。这位毒妃身世神秘，性格刚烈，为了寻找家族被灭的真相，她隐姓埋名，深入宫廷，以医者的身份逐步接近权力的核心。

在宫廷中，她以惊人的医术救治了众多权贵，却也因此卷入了一场又一场的权力斗争。她利用自己的毒药，巧妙地化解了重重危机，同时也逐渐揭开了家族被灭的惊人秘密。在这个过程中，她与一位英勇的将军相识相知，两人携手并肩，共同面对宫廷的险恶与阴谋。

电影的高潮部分，毒妃终于揭开了家族被灭的真相，原来这一切都与宫廷中的一股神秘势力有关。在一场惊心动魄的决战中，毒妃凭借自己的智慧和勇气，成功击败了敌人，为家族复仇。最终，她与将军携手离开宫廷，过上了平静而幸福的生活。