《碧蓝档案 The Animation》的剧情发生在一个名为基沃托斯的巨大学园都市，这里汇聚了数千所学校。在这个特殊的世界里，学生们手持枪械，彼此间的纷争成为了一道独特的风景线。

故事聚焦于被沙漠环绕的阿拜多斯高中，这所学校正面临着废校的危机。为了挽救学校的命运，五名来自对策委员会的学生挺身而出，她们勇敢、智慧，且充满了青春的热情。

在这五位学生的奋斗过程中，她们遇到了被称为“老师”的大人，这位老师的出现为她们带来了新的希望和动力。随着故事的展开，学生们和老师一同面对各种挑战和困难，她们之间的友谊和信任也在这些经历中得到了升华。

在基沃托斯这座充满未知与机遇的学园都市中，学生们和老师共同追求着属于自己的未来，书写着属于青春的传奇篇章。