《秦皇归来！我为千古仙帝》是一部以秦朝为背景的动漫作品，故事发生在2024年的一个平行世界。在这个世界里，科技与仙术并存，人类与神秘生物和谐共生。

故事的主线围绕着一位名叫李斯的青年展开，他意外穿越回秦朝，成为了秦始皇的谋士。李斯运用自己的现代知识和智慧，帮助秦始皇统一六国，建立秦朝。然而，在他的帮助下，秦朝并没有像历史中那样短暂而亡，而是逐渐发展成为一个强大的仙术帝国。

在秦朝的发展过程中，李斯结识了许多英勇的仙术师和神秘的生物，他们共同守护着这个帝国的和平与繁荣。然而，随着势力的扩张，秦朝也引来了其他势力的嫉妒和围攻。为了保卫秦朝，李斯带领他的伙伴们展开了一场又一场惊心动魄的战斗。

在这个过程中，李斯逐渐领悟到了仙术的真谛，并成为了一位真正的仙帝。他带领着秦朝和仙术师们，共同创造了一个充满奇迹和传奇的仙术世界。