《龙樱2》的剧情设定在2005年剧版《龙樱》的10年后。故事的主角是樱木建二，一位曾经成功将吊车尾的龙山高中改造成东大生辈出的学校的热血教师。在剧集中，樱木建二已经从龙山高中退休，转而指导私立大学的经营，生活看似顺风顺水。然而，当龙海学园因偏差值低面临破产危机时，樱木建二接受了该校教务主任高原浩之的邀请，决定重返校园，帮助重建并带领学生奋斗。

樱木建二面临的挑战重重，因为龙海学园的董事长龙野久美子反对教学改革，坚持自由校风。同时，樱木建二还得面对一群各有烦恼和问题的学生，如对未来迷茫的濑户辉、三分钟热度的女高中生早濑菜绪，以及羽毛球顶尖选手岩崎枫等。在与樱木建二相遇后，这些学生的命运开始发生翻天覆地的变化。

樱木建二与他的前学生水野直美，如今已成为律师，共同带领这群学生，展开了一场新时代的“应试战争”，旨在帮助学生考上东京大学，同时重建龙海学园。