《猫侍第二季》的剧情承接第一季，继续讲述了斑目久太郎与猫咪玉之丞之间的温馨而又逗趣的生活。

斑目久太郎，这位曾被誉为“斑鬼”的加贺藩剑术高手，他的生活因一只名叫玉之丞的白猫而发生了翻天覆地的变化。尽管他曾一度离开江户，但出于对武士名誉的执着以及对玉之丞的深厚情感，他毅然决定重返这座喧嚣的城市。然而，新房东菊乃女士却对养猫持坚决反对的态度，这让久太郎不得不小心翼翼地瞒着她，与玉之丞过着“地下”生活。

为了生计，久太郎四处求职，与玉之丞一同经历了许多啼笑皆非的故事。他们的关系也在这一过程中变得更加紧密。某日，院子里突然出现了近20只野猫，这一突如其来的变故让久太郎和玉之丞的生活再次陷入了混乱，但同时也为他们带来了更多的欢乐与挑战。久太郎与玉之丞携手应对，共同书写着属于他们的温馨篇章。